益生菌要能夠發揮其健康效益,最大難關在於能否通過胃酸和膽鹽的考驗,並於腸道存活定殖。此外,其製品在加工、劑型、運送或保存等條件上也有許多限制,因此如巧克力、糖果、飲料或麥片等需經高溫製程的食品便無法添加活菌,進而賦予其機能性的保健價值。
凝結芽孢桿菌 (Bacillus coagulans) 因同時具有製造乳酸及形成芽孢的特性,故早期又被稱為「芽孢乳酸菌 (Lactobacillus sporogene) 」。事實上,芽孢是某些細菌為適應惡劣環境所發展出來的休眠機制,其水分及代謝會大幅減少,直到合適環境才會恢復生長繁殖,如動物腸道,而乳酸菌家族並不具有形成芽孢的能力,因此芽孢乳酸菌在 1957 年才被分類為芽孢桿菌屬 (Bacillus spp.),並重新命名為凝結芽孢桿菌。